El Instituto Superior de Comandante Fontana, surge como una necesidad de brindar estudios de nivel superior a una gran cantidad de egresados del nivel secundario que se veían imposibilitados de trasladarse a otras localidades.
Comenzó a funcionar como Anexo del I.S.F.D. de Ibarreta iniciando las clases el 10 de abril de 1.985 con el Profesorado Para la Enseñanza Primaria Especializado en Zona Rural
| y de Frontera y a partir del año 1.986 el Instituto se constituye como Instituto independiente modificándose el plan de estudios, por el Profesorado Para la Enseñanza Primaria con una única promoción. |  |
Su primera directora fue la profesora Gladys Rosales de Garnica y la sucedieron en el cargo los profesores: Carlos Alberto Lembo, Cristina Coronel, Jorge Duarte y actualmente el profesor Jorge Malgarini.
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El total de promociones del Profesorado para la Enseñanza Primaria en Zona Rural y de Frontera fue de 12, con un total de 535 egresados desde el año 1.985 hasta el año 1.997.
Durante los años 1.994 – 1.995 y a la fecha la institución enfrenta nuevos desafíos en vista a una nueva reorganización Institucional, en cuanto a decisiones participativas para lograr una estructura organizativa y mixta que permita los espacios democráticos a todos los actores involucrados en la marcha institucional a través de los Departamentos de Capacitación e Investigación y respondiendo a las nuevas exigencias de la transformación educativa.
Por esto, desde el año 1.997 se implementaron, por tres cohorte la carrera del Profesorado de Educación Inicial, aprobado por Decreto Nº 355/00 que otorga el título de Profesor de Nivel Inicial lo que permite ofrecer a nuestros jóvenes la posibilidad de estudiar una carrera con amplias posibilidades de acceder al campo laboral egresaron 117 docentes de los cuales todos están insertos laboralmente.
Durante el 2001 y 2002 con el Profesorado de Educación Inicial aprobado por Decreto 324/03PEP se formaron 30 docentes con experiencia en la nueva Ley de Educación Nº 24.195. En el año 2005, dando respuestas a las nuevas demandas del gobierno provincial, la institución acepta el desafío y lanza una oferta de Educación Técnica relacionada con el mundo del trabajo y la producción : Técnico Superior en Producción Animal.
Actualmente el Instituto cuenta con 30 egresados y cursando un total de 80 alumnos.
Profesorado de Educación Inicial con un total de 110 alumnos,
Profesorado de Historia con un total de 67 alumnos
Profesorado de Educación Primaria, anexo palo santo con un total de 120 alumnos.
Otra singularidad es el hecho de compartir el edificio con la Escuela N° 245 y de esta forma trabajar en forma recíproca en diversas acciones institucionales, como por ejemplo: capacitación, investigación y proyección a la comunidad a través de trabajos conjuntos con la cooperadora escolar para proyectos pedagógicos y de mantenimiento de la unidad educativa.
